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用CP2K做bcc铁表面吸附甲烷,优化过程中,铁胞明显变形了

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发布时间: 2023-11-8 16:28

正文摘要:

本帖最后由 牧生 于 2023-11-8 16:38 编辑 参照教程中Pd晶面对苯的吸附,稍加改动,自己想做一下铁对有机小分子甲烷的吸附。 第一步:基于培训班中的Fe.cif, 使用gv建立了如下的模型,Y方向放了一个甲烷,XZ方 ...

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pineacolada 发表于 Post on 2024-12-28 20:58:49
牧生 发表于 2024-12-25 18:02
http://bbs.keinsci.com/thread-50193-1-1.html

目前来看,使用CP2K无法解决。我也没有深究了,反正这 ...

好的好的,非常感谢您的解答
牧生 发表于 Post on 2024-12-25 18:02:14
本帖最后由 牧生 于 2024-12-25 18:03 编辑
pineacolada 发表于 2024-12-25 16:50
请问您找到方法了吗,我也遇到了相似的问题,计算2×2×2的铁超胞都长期不能收敛

http://bbs.keinsci.com/thread-50193-1-1.html

目前来看,使用CP2K无法解决。我也没有深究了,反正这个课题也只是我想尝试一下罢了,不需要做出来什么具体的结果。
pineacolada 发表于 Post on 2024-12-25 16:50:54
牧生 发表于 2023-11-19 13:58
谢谢解答。我已经着手QE了。如果到后来还是弄不好,或者就会放弃这个了

请问您找到方法了吗,我也遇到了相似的问题,计算2×2×2的铁超胞都长期不能收敛
牧生 发表于 Post on 2023-11-19 13:58:44
乐平 发表于 2023-11-19 10:37
盲猜是自旋多重度的问题。

QE, VASP 这类第一性原理软件是通过设置体系是否开启自旋极化(即电子 ...

谢谢解答。我已经着手QE了。如果到后来还是弄不好,或者就会放弃这个了
乐平 发表于 Post on 2023-11-19 10:37:28
本帖最后由 乐平 于 2023-11-19 10:39 编辑
泛函用默认PBE,基组默认DZVP-MOLOPT-SR-GTH,手动把自旋多重度改为1 (教程中有提到,这个bcc铁,自旋多重度设置多少是不碍事的。那么,如果吸附一个已知自旋多重度为3的物质,那么应该把整体的自旋多重度设为多少呢?)



盲猜是自旋多重度的问题。

QE, VASP 这类第一性原理软件是通过设置体系是否开启自旋极化(即电子是否自旋匹配 ↑ ↓ 或不自旋匹配 ↑ ↑ )来优化电子结构。

对于表面体系,个人觉得不太可能是单重态。而如果设置自旋多重度,则必须考虑二重,三重,四重,五重…… 等等太多种情况了,不如像 QE,VASP那样直接自旋极化来得方便。

个人的粗浅理解,欢迎大家讨论。
牧生 发表于 Post on 2023-11-19 09:04:06
丁越 发表于 2023-11-19 08:51
之前就说了如果SCF不收敛的话cp2k仍然会继续优化并输出坐标,所以如果SCF一直不收敛,继续拿得到的原子坐 ...

谢谢解答,已经在QE的坑里扑腾了
丁越 发表于 Post on 2023-11-19 08:51:42
牧生 发表于 2023-11-18 14:54
重新试了下,在Z方向放了一个苯,优化过程中,不冻结的铁仍然明显变形,而且仍然SCF不收敛。

之前就说了如果SCF不收敛的话cp2k仍然会继续优化并输出坐标,所以如果SCF一直不收敛,继续拿得到的原子坐标说事也没有意义。
QE肯定不会出现这个问题,挺稳健的。
丁越 发表于 Post on 2023-11-9 09:30:09
牧生 发表于 2023-11-9 05:57
我这个体系,一夜并没有成功跑完,但我看结构有明显变化,就停掉了。
就是不收敛,但我又找不出问题所在。 ...

不收敛就没有计算的必要了,虽然cp2k挺神奇的,SCF能跑好几轮不收敛却仍然让你运行下去。
cp2k算这些体系是存在问题的(即便你看着这个体系挺简单的),之前论坛里也有人碰到过,SCF不管怎么折腾就是不收敛,但是你换成如QE等经典的平面波程序就很快收敛了,所以我一般碰到这种情况就直接换程序。。。
牧生 发表于 Post on 2023-11-9 05:57:16
本帖最后由 牧生 于 2023-11-9 06:44 编辑
丁越 发表于 2023-11-8 19:27
你建模时真空层朝着Y着实让人看的难受,习惯上都是Z方向是真空层,虽然对计算没啥影响。
另外你放甲烷的时 ...
我这个体系,一夜并没有成功跑完,但我看结构有明显变化,就停掉了。
就是不收敛,但我又找不出问题所在。

我会认真考虑你的建议的。
丁越 发表于 Post on 2023-11-8 19:27:59
本帖最后由 丁越 于 2023-11-8 22:11 编辑

你建模时真空层朝着Y着实让人看的难受,习惯上都是Z方向是真空层,虽然对计算没啥影响。
另外你放甲烷的时候放的有点太远了,要不然得优化好多步。


刚才重新跑了一下你的输入文件,SCF都无法收敛,你确定你的输出文件中SCF都收敛了?

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