白皛白 发表于 2024-1-6 10:39
您好，我最近也在尝试用metadynamics，画出了势能面的热图，想请教一下应该如何画出您这种二维的包含反应物 ...

根据我的经验您这个应该还没有跑完整，您现在这个势能面应该是刚刚出现产物的时刻，产物谷还没填充完整，需要多跑一段时间。具体要跑多久还要看具体的体系是什么样的。我建议您去看一下这两篇文献，我看了之后收获还是不少的。Metadynamics: a method to simulate rare events and reconstruct the free energy in
biophysics, chemistry and material science（http://iopscience.iop.org/0034-4885/71/12/126601）;Metadynamics(DOI: 10.1002/wcms.31);

您好，我最近也在尝试用metadynamics，画出了势能面的热图，想请教一下应该如何画出您这种二维的包含反应物、TS、产物的势能面图呢？另外我也对您提出的这个问题很感兴趣，我一般是观察到反应物生成产物的事件发生时就把计算停了，不知这样操作是否正确。