一朵云 发表于 2023-11-9 16:39
我用过molclus调用xtb跑了一次 发现得到的结果从原始的一个构型变成了另一个构型 是我的操作有误吗？还是 ...

构型这个词有很多意思，（1）两个分子形成非共价复合物是构型，（2）胺氮的三角锥构型也是构型，（3）过渡金属配合物的顺式配位和反式配位也是构型，（4）手性碳的R型和S型也是构型。（1）、（2）变化一般是合理的，（4）变化一般不合理，（3）变化是否合理需要看情况。
先明确你说的构型是哪个意思，再讨论结果是否合理

仔细把此文看了，你该效仿的是此文的例子
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

一朵云 发表于 2023-11-9 23:18
请问免费的常用的分子动力学软件是什么呀~？我是新手

gromacs/lammps/amber/namd/...几十款

wzkchem5 发表于 2023-11-9 23:26
对于一般大小的分子，可以用xtb跑，直接用xtb也行，用orca调用xtb也行
对于特别小的分子，DFT AIMD能跑 ...

我用过molclus调用xtb跑了一次 发现得到的结果从原始的一个构型变成了另一个构型 是我的操作有误吗？还是用xtb跑分子动力学不会保留分子构型 会把所有可能的构型和他们的构象都模拟一遍 最后得出的构型就是最后的结果呀？

一朵云 发表于 2023-11-9 16:18
请问免费的常用的分子动力学软件是什么呀~？我是新手

对于一般大小的分子，可以用xtb跑，直接用xtb也行，用orca调用xtb也行
对于特别小的分子，DFT AIMD能跑得动的体系，用orca、cp2k等
对于特别大的分子，xtb跑不动的，用gromacs等

zjxitcc 发表于 2023-11-9 23:12
环构象难以通过旋转环上的单键得到，比较方便的方式是跑分子动力学，从动力学轨迹里提取结构。环外单键仍然 ...

请问免费的常用的分子动力学软件是什么呀~？我是新手

环构象难以通过旋转环上的单键得到，比较方便的方式是跑分子动力学，从动力学轨迹里提取结构。环外单键仍然可以通过旋转产生构象。