高斯加速分子模拟GaMD水盒子变形

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发布时间: 2023-11-10 18:01

本帖最后由 dimoo 于 2023-11-10 20:18 编辑各位老师，我运用GaMD的方法对一个蛋白质进行模拟想要探索该蛋白不同的构象空间，目前尚在GaMD的平衡阶段，监测后发现水盒子发生了变形，不清楚是什么原因导致的，以 ...

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dimoo 发表于 Post on 2023-11-20 00:57:01

感谢两位的回复，确实是体系没平衡好，问题已经解决

fhh2626 发表于 Post on 2023-11-14 11:11:46

明显是压强没平衡，盒子中间有个气泡

c00jsw00 发表于 Post on 2023-11-11 17:47:25

1.也許前面NPT 等等平衡不OK 或是一開始起始結構很怪都會導致這樣的情況..假如是NPT 檢查一下density
2.我最近也遇到相關的問題我是先使用openmm 進行NPT 平衡後再把檔案餵給pmemd.cuda進行gamd

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