wzkchem5 发表于 2025-4-2 18:22
“一般小分子化合物”太宽泛
我前段时间搜六正丁基二锡的构象，6kcal/mol以内有几万个

如果用XTB优化后还有几万个，这种情况天然产物还没出现过。

Newbee_Ccc 发表于 2025-4-2 18:20
感谢博主，非常感谢分享，也还是想请教下，一般小分子化合物，1000k，2000个conformer，基本上也能涵盖能 ...

用Gromacs动力学进行构象搜索，如果温度合适，应该可以。所以本脚本中提供了3个不同温度下的构象搜索，选择合适的温度，基本可以满足。

Newbee_Ccc 发表于 2025-4-3 10:20
感谢博主，非常感谢分享，也还是想请教下，一般小分子化合物，1000k，2000个conformer，基本上也能涵盖能 ...

“一般小分子化合物”太宽泛
我前段时间搜六正丁基二锡的构象，6kcal/mol以内有几万个

欢乐多 发表于 2023-11-14 15:12
如果时间充足，喜欢折腾，使用三种构象搜索软件，比如spartan，shcordiner, xtb, gromacs, tinker等，将 ...

感谢博主，非常感谢分享，也还是想请教下，一般小分子化合物，1000k，2000个conformer，基本上也能涵盖能量最低构象了吧？

Duoo 发表于 2024-10-18 23:12
请问TJ老师,这个流程的第三步,优化结构似乎没有带溶剂么?但是溶剂对于结构优化不是也影响挺大的么?如果我们 ...

您好，
如果优化需要带溶剂可以加上相应溶剂；
溶剂是否影响很大，这要看具体的分子结构，有些分子加上溶剂优化后的变化不是很大，有些很大；我的经验，溶剂没有初始构象的影响大，初始构象是关键，因此构象搜索更加重要；
Gaussian的计算速度是需要设置运行的核数，有两种途径，加入到关键词或改变Gaussian的default设置；
你们计算节点我也不是很了解，我之前用的是，一个节点中有几百核可用，如果用户太多，有些任务会暂停；一个节点任务太多，提交任务可换其他节点。
谢谢

请问TJ老师,这个流程的第三步,优化结构似乎没有带溶剂么?但是溶剂对于结构优化不是也影响挺大的么?如果我们NMR和ECD测试的溶剂不一样的情况下是不是需要修改第三步分别用两个溶剂去优化构象供后续调用呢?
另外请问各位老师如果是在超算集群上进行工作的话,如何修改配置以增加应用上述程序时的计算速度呢?我尝试增加节点数目,但是似乎没有变化.
#SBATCH --nodes=1 #增加到10计算时间没有变化
#SBATCH --ntasks-per-node=16

欢乐多 发表于 2024-10-12 02:40
可以的

感谢！

chinchilla 发表于 2024-10-10 23:51
我把NMR计算那段注释掉，只计算ECD可以吗

可以的

我把NMR计算那段注释掉，只计算ECD可以吗

niduhz 发表于 2024-5-9 22:37
明白了，感谢感谢，但是看起来只有度盘链接那个例子里面的6molclus112做了这个更改，感觉楼主可以更新一 ...

好的

欢乐多 发表于 2024-5-9 23:45
这是molclus程序删掉的，每次运行前都会检查当前文件的.out，并删除，所以最新的6molcus112脚本多了一步 ...

明白了，感谢感谢，但是看起来只有度盘链接那个例子里面的6molclus112做了这个更改，感觉楼主可以更新一下附件里的版本（？

niduhz 发表于 2024-5-8 20:35
Energy and geometry of all successful configurations have been collectively outputted to isomers.xyz ...

这是molclus程序删掉的，每次运行前都会检查当前文件的.out，并删除，所以最新的6molcus112脚本多了一步将产生的out转变log，以避开molclus的清理作业。

Energy and geometry of all successful configurations have been collectively outputted to isomers.xyz in current folder.
In this file, the value after "Frame:" is the frame index in the isomers.xyz, "Step:" is the step number in this time of molclus execution, "Geom:" is geometry index in the inputted trajectory file

grep: 6R_05_sp_orca00*.out: No such file or directory
Shermo: A general code for calculating molecular thermochemistry properties
Version 2.6  Release date: 2024-Feb-11
Developer: Tian Lu (sobereva@sina.com)
Beijing Kein Research Center for Natural Sciences (http://www.keinsci.com)
Official website: http://sobereva.com/soft/shermo

  **** If this code is utilized in your work, PLEASE CITE following paper ****
Tian Lu, Qinxue Chen, Shermo: A general code for calculating molecular thermodynamic properties, Comput. Theor. Chem., 1200, 113249 (2021) DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249

Loading running parameters from settings.ini...

Running parameters:
Printing individual contribution of vibration modes: No
Temperature:     298.150 K
Pressure:          1.000 atm
Scale factor of vibrational frequencies for ZPE:        1.0000
Scale factor of vibrational frequencies for U(T)-U(0):  1.0000
Scale factor of vibrational frequencies for S(T):       1.0000
Scale factor of vibrational frequencies for CV:         1.0000
Low frequencies treatment: Grimme's interpolation for entropy
Vibrational frequency threshold used in the interpolation is 100.00 cm^-1
Error: Unable to find /home/test123/calculation/6molclus112/6R_04_freq_gau00*.out
Press ENTER button to exit program
想问下楼主为什么我直接使用这个脚本时产生的6R_xx_xxxx_gau00*.out会被删掉（报错是找不到（尝试重新计算频率时发现算好的nmr和ecd文件又被删掉了，想问下是为什么
经过测试好像是每一步开始的时候这些输出文件会被删掉，看了一眼脚本代码也没发现什么可能会删掉这些文件的部分（搞不懂

Jpzzz 发表于 2024-4-2 16:18
想请问一下楼主如果是超算提交作业（slurm管理系统），是不是可以直接修改10step文件夹里面的.sh文件然后按 ...

4振动分析、5单点能、NMR和ECD输入文件都是用的3优化的结果输出文件，3的输入文件是2的快速优化的结果，具体你可以试一试吧，molculs不能同时运行这几步，只能一步完成再进行下一步。具体啥情况，可以试一试。