Windows系统Gromacs对有机小分子进行分子动力学构象搜索

查看数: 3227 | 评论数: 8 | 收藏 Add to favorites 9

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2023-11-13 11:36

本帖最后由欢乐多于 2023-11-13 13:44 编辑 Windows系统Gromacs对有机小分子进行分子动力学构象搜索前言之前笔者在chatGPT的帮助下，设计了一套计算复杂天然产物NMR和ECD的脚本，参看博文和视频讲解《c ...

回复 Reply

欢乐多 发表于 Post on 2026-4-7 22:08:00

王涛发表于 2026-3-24 04:18
帖主你好。我看了您的帖子有两个问题
1.在5. Gromacs构象搜索结果处理这一步，若我想每隔一段时间取一帧（ ...

建议参加培训班，多试几次

王涛 发表于 Post on 2026-3-24 20:18:59

帖主你好。我看了您的帖子有两个问题
1.在5. Gromacs构象搜索结果处理这一步，若我想每隔一段时间取一帧（比如100ps），应该如何操作呢？
2.若我的体系添加了显性水，我在导出时只想导出想要研究的部分（比如蛋白+配体），这一步改如何实现呢？

16whzhengdn 发表于 Post on 2025-12-17 21:06:21

欢乐多发表于 2025-12-14 09:18
能解压出文件吗，这个是在linux系统上用的

已解决,谢谢

欢乐多 发表于 Post on 2025-12-14 09:18:04

16whzhengdn 发表于 2025-12-12 07:40
molclus112.zip文件点进去显示无法读取

能解压出文件吗，这个是在linux系统上用的

16whzhengdn 发表于 Post on 2025-12-12 23:40:38

本帖最后由 16whzhengdn 于 2025-12-13 08:55 编辑

molclus112.zip文件点进去显示无法读取

欢乐多 发表于 Post on 2025-11-8 11:46:09

Hanna110 发表于 2025-11-5 00:52
这个是先跑能量最小化再跑平衡最后跑产生相，然后把产生相得到的轨迹转化为xyz格式再提交给molclus筛选能量 ...

是的

Hanna110 发表于 Post on 2025-11-5 16:53:13

Hanna110 发表于 2025-11-5 16:52
这个是先跑能量最小化再跑平衡最后跑产生相，然后把产生相得到的轨迹转化为xyz格式再提交给molclus筛选能量 ...

还是建模后直接跑产生相，vmd转化为xyz格式再提交给molclus找能量最低的构象呢？

Hanna110 发表于 Post on 2025-11-5 16:52:04

这个是先跑能量最小化再跑平衡最后跑产生相，然后把产生相得到的轨迹转化为xyz格式再提交给molclus筛选能量最低的构象吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register