Windows系统Gromacs对有机小分子进行分子动力学构象搜索

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发布时间: 2023-11-13 11:36

本帖最后由欢乐多于 2023-11-13 13:44 编辑 Windows系统Gromacs对有机小分子进行分子动力学构象搜索前言之前笔者在chatGPT的帮助下，设计了一套计算复杂天然产物NMR和ECD的脚本，参看博文和视频讲解《c ...

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16whzhengdn 发表于 Post on 2025-12-17 21:06:21

欢乐多发表于 2025-12-14 09:18
能解压出文件吗，这个是在linux系统上用的

已解决,谢谢

欢乐多 发表于 Post on 2025-12-14 09:18:04

16whzhengdn 发表于 2025-12-12 07:40
molclus112.zip文件点进去显示无法读取

能解压出文件吗，这个是在linux系统上用的

16whzhengdn 发表于 Post on 2025-12-12 23:40:38

本帖最后由 16whzhengdn 于 2025-12-13 08:55 编辑

molclus112.zip文件点进去显示无法读取

欢乐多 发表于 Post on 2025-11-8 11:46:09

Hanna110 发表于 2025-11-5 00:52
这个是先跑能量最小化再跑平衡最后跑产生相，然后把产生相得到的轨迹转化为xyz格式再提交给molclus筛选能量 ...

是的

Hanna110 发表于 Post on 2025-11-5 16:53:13

Hanna110 发表于 2025-11-5 16:52
这个是先跑能量最小化再跑平衡最后跑产生相，然后把产生相得到的轨迹转化为xyz格式再提交给molclus筛选能量 ...

还是建模后直接跑产生相，vmd转化为xyz格式再提交给molclus找能量最低的构象呢？

Hanna110 发表于 Post on 2025-11-5 16:52:04

这个是先跑能量最小化再跑平衡最后跑产生相，然后把产生相得到的轨迹转化为xyz格式再提交给molclus筛选能量最低的构象吗？

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