模拟甲烷水合物固气体系水合物生成，到正式模拟一直报错

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发布时间: 2023-11-15 19:56

本帖最后由五月雨于 2023-11-15 20:12 编辑各位老师好，我尝试做甲烷水合物的模拟，使用packmol生成了一个甲烷水合物体系，左侧是水合物固体，右侧是气水混合物： ...

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五月雨 发表于 Post on 2025-8-18 18:20:08

lxr123 发表于 2025-8-15 12:57
目前我想建立一个含有CO2水合物晶体种子的，加速CO2水合物形成，但是不知道如何构建这个CO2水合物晶体种子p ...

我是自己跑出来后，通过packmol把水合物与气水混合物放置到一起的

lxr123 发表于 Post on 2025-8-15 12:57:08

目前我想建立一个含有CO2水合物晶体种子的，加速CO2水合物形成，但是不知道如何构建这个CO2水合物晶体种子pdb文件

lxr123 发表于 Post on 2025-8-15 12:55:51

大佬，左侧的水合物固体的PDB文件是怎么建立的，用哪一个软件哈，还是下载的~~

sobereva 发表于 Post on 2023-11-17 03:08:39

在确保拓扑文件无误的前提下，改用NVT看看什么情况

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