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高斯跑ADMP如何判断分子发生了分解

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SMALL-CR7

发布时间: 2023-11-16 09:53

正文摘要:

本帖最后由 SMALL-CR7 于 2023-11-16 10:50 编辑老师们，请教一个问题，我用高斯去模拟了ADMP，温度设为了1000K，实验中，该分子523.15K就开始了分解，但模拟中，未观察到很明显的分解，只有一个O-H键会出现消失 ...

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SMALL-CR7 发表于 Post on 2023-11-17 20:59:46

sobereva 发表于 2023-11-17 02:40
是否分解显然直接从轨迹上结合基本化学常识（如化学键键长）就能判断。

除非真的有很不稳定的键，否则这 ...

谢谢老师

SMALL-CR7 发表于 Post on 2023-11-17 20:59:13

wzkchem5 发表于 2023-11-16 20:35
增加多少时间也不可能跑到分钟级，如果比如说跑2ps跑了一天，那跑一年也跑不到1ns。
固然跑ADMP的温度比 ...

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2023-11-17 02:40:12

是否分解显然直接从轨迹上结合基本化学常识（如化学键键长）就能判断。

除非真的有很不稳定的键，否则这种分子就用1000K跑，在有限的模拟时间内很难观察到分解。倘若你对分解产物、过程感兴趣，应当不断提升温度，直到在能接受的模拟时间内观看到解离为止

wzkchem5 发表于 Post on 2023-11-16 20:35:47

SMALL-CR7 发表于 2023-11-16 13:25
老师，实验是从室温开始加热，平均每分钟增加10度；计算模拟才跑了2ps，看来是不够的，我打算再增加一下 ...

增加多少时间也不可能跑到分钟级，如果比如说跑2ps跑了一天，那跑一年也跑不到1ns。
固然跑ADMP的温度比实验温度高，但是也得估算一下温度高这么多反应快多少倍，得快到10^14次方的量级，才可能只跑2ps就能模拟出几十分钟的反应。
跑MD，尤其是AIMD，最忌讳的就是不预先估计能不能在合理时间内跑出来，直接盲跑，最后发现跑不出反应，白白浪费机时

SMALL-CR7 发表于 Post on 2023-11-16 20:25:17

wzkchem5 发表于 2023-11-16 17:08
实验是经过了多久分解的？计算跑了多长时间的轨迹？
你的ADMP只跑了2ps，如果实验是好几秒甚至好几小时才 ...

老师，实验是从室温开始加热，平均每分钟增加10度；计算模拟才跑了2ps，看来是不够的，我打算再增加一下时间，要是还不行，就只能换方法了，主要是不清楚会裂解成什么分子，所以暂时确定不了过渡态

wzkchem5 发表于 Post on 2023-11-16 17:08:26

实验是经过了多久分解的？计算跑了多长时间的轨迹？
你的ADMP只跑了2ps，如果实验是好几秒甚至好几小时才分解的，那计算上毫无分解是极其正常的。应当改用过渡态理论来计算分解过程

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