sobtop无法生成MS画的SiO2的itp

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Jus

发布时间: 2023-11-18 15:09

大家好，我用vmd生成的层状SiO2.pdb却可以被Sobtop识别生成itp。但使用MS生成的层状SiO2的pdb，再用Sobtop生成itp文件时原子不被识别。请问如何解决，感谢回答！（MS生成的SiO2.pdb已上传）

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五月雨 发表于 Post on 2023-11-21 13:32:06

Jus 发表于 2023-11-19 09:12
感谢回复，之前试过了，还是不行

我用你给的文件试了，没发现问题

Jus 发表于 Post on 2023-11-19 09:12:59

五月雨发表于 2023-11-18 19:27
通过gaussian view转存成mol2文件就可以了

感谢回复，之前试过了，还是不行

Jus 发表于 Post on 2023-11-19 09:12:04

sobereva 发表于 2023-11-18 20:44
把有的列末尾的2-和1-都删除掉就行了。做个批量替换，几秒钟就解决了

谢谢sob老师，好使了

sobereva 发表于 Post on 2023-11-18 20:44:06

把有的列末尾的2-和1-都删除掉就行了。做个批量替换，几秒钟就解决了

五月雨 发表于 Post on 2023-11-18 19:27:38

通过gaussian view转存成mol2文件就可以了

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