求助:RMSD突变是哪里出问题了呢

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发布时间: 2023-11-18 23:41

我按照大佬的要求来的了md.mdp文件里面添加了comm-grps = protein_ligand和comm-mode = angular 也用-pbc mol处理了，可是还是有突变，可视化又看不出什么来，被困扰两天了，求助大神。

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lzy233 发表于 Post on 2023-11-19 10:58:07

sobereva 发表于 2023-11-19 01:48
突变附近一些帧叠加显示，不可能一点都看不出来

并且可以用VMD的timeline搞清楚哪个残基对RMSD贡献大， ...

好的，谢谢社长，我这就去看

aaq2800 发表于 Post on 2023-11-19 09:00:09

正好我也碰到这个问题，社长及时雨啊

sobereva 发表于 Post on 2023-11-19 01:48:50

突变附近一些帧叠加显示，不可能一点都看不出来

并且可以用VMD的timeline搞清楚哪个残基对RMSD贡献大，着重考察
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt

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