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求助二聚体势能面角度扫描

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发布时间: 2023-11-22 14:54

正文摘要:

求问,对于如下二聚体,如果想扫描原子9-12-11之间的角度该怎么处理? 借助虚原子可以实现吗?

回复 Reply

Yura 发表于 Post on 2023-11-22 17:55:27
是的,就是这么干了,但是很好奇有没有简单点的方式。
zjxitcc 发表于 Post on 2023-11-22 17:40:28
Yura 发表于 2023-11-22 17:02
谢谢!是的,想扫描键角,但是使用刚性扫描时,原子12与9直接没有成键。
所以,修改了z-matrix之后,scan ...

如果是刚性扫描,那你直接GaussView里调整键角产生一系列目标结构,然后分别算单点就行了,没多少结构。。。倒也不一定要依靠Gaussian的关键词实现,树挪死人挪活嘛
Yura 发表于 Post on 2023-11-22 17:02:22
谢谢!是的,想扫描键角,但是使用刚性扫描时,原子12与9直接没有成键。
所以,修改了z-matrix之后,scan时右边分子会散,不收敛。是因为扫描这个角度时,很多单个分子内相关角度、键长也发生变化了?
还有一个问题就是,怎么实现xy平面的rigid scan呢?谢谢!
zjxitcc 发表于 Post on 2023-11-22 16:48:29
“原子9-12-11之间的角度”你只说了3个原子,我默认你想扫描键角,这个不需要什么虚原子,直接扫描即可。如果你还想固定9-12的距离,那就加个距离限制。如果哪里还觉得有困难/困惑可以提出

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