sobereva 发表于 2025-8-16 09:25
MOPAC默认利用所有逻辑核心。本身MOPAC的并行效率就很低，嫌慢就让molclus调用xtb

好的。谢谢老师

科研小白白 发表于 2025-8-15 23:20
老师您好，学习molclus+MOPAC做初步优化，settings.ini中MOPAC默认调用多少核心呀在setting.ini中怎么设置 ...

MOPAC默认利用所有逻辑核心。本身MOPAC的并行效率就很低，嫌慢就让molclus调用xtb

老师您好，学习molclus+MOPAC做初步优化，settings.ini中MOPAC默认调用多少核心呀在setting.ini中怎么设置呢？感觉CPU利用率很低。.brrushrc中OMP_NUM_THREADS=36是不是起不到作用呀。谢谢老师。

wangyu 发表于 2024-3-22 16:17
我想咨询老师您怎么解决优化时间过长的问题的呀，我一个构型需要优化12分钟~

嫌慢就让molclus调用xtb

我想咨询老师您怎么解决优化时间过长的问题的呀，我一个构型需要优化12分钟~

sobereva 发表于 2024-2-9 06:41
MOPAC的并行效率很低，xtb并行效率则高得多

十分感谢社长解答！

大宏宏 发表于 2024-2-8 22:50
社长好。我最近也按照教程用molclus+MOPAC进行构象搜索。生成50对二聚体（每对二聚体有90*2个原子）
.mo ...

MOPAC的并行效率很低，xtb并行效率则高得多

sobereva 发表于 2023-11-24 07:01
vmware里装个linux虚拟机，虚拟机里跑，别非得用windows
几百个初始结构够了

社长好。我最近也按照教程用molclus+MOPAC进行构象搜索。生成50对二聚体（每对二聚体有90*2个原子）
.mop文件如下：
PM6-D3H4 precise
molecule
All coordinates are Cartesian
[GEOMETRY]

计算在超算平台上进行，用以下.sh文件进行软件启动：
#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_512
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 4
export PATH=/public3/home/scg9198/molclus/molclus_1.12_Linux:$PATH
export PATH=/public3/home/scg9198/MOPAC:$PATH
export MOPAC_LICENSE=/public3/home/scg9198/MOPAC
export PATH=$PATH:/public3/home/scg9198/MOPAC
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public3/home/scg9198/MOPAC
srun molclus


在这个条件下，平均几分钟优化好一对二聚体，以下是MOPAC.out大概的循环圈数：
CYCLE:   880 TIME:   0.094 TIME LEFT:  2.00D  GRAD.:     0.332 HEAT: -97.69623
CYCLE:   881 TIME:   0.094 TIME LEFT:  2.00D  GRAD.:     0.716 HEAT: -97.69632
CYCLE:   882 TIME:   0.094 TIME LEFT:  2.00D  GRAD.:     0.288 HEAT: -97.69643
tail: MOPAC.out: file truncated

当考虑到接下来可能需要对几个类似的体系进行优化时，我决定尝试提高计算速度以加快处理过程。我打算尝试利用更多的核心进行计算，因此我将.sh文件中的“#SBATCH -c 4”修改为"#SBATCH -c 128"，以达到核心数的上限。然而，尽管我做出了这样的调整，经过尝试后发现计算速度并没有显著提升。

我想请教一下，是否MOPAC的计算对核数不太敏感？

暮色 发表于 2023-11-23 21:26
多谢社长的回复，已用molclus调用xtb方法
在windows下安装了xtb并将环境变量等设置成功
首先在GFN1-xTB下 ...

vmware里装个linux虚拟机，虚拟机里跑，别非得用windows
几百个初始结构够了


想让我回复每次点击帖子下面的回复按钮

建议你让molclus调用xtb，速度很快：



得到的结果也合理，这是其中一个




实测MOPAC对这个体系收敛做得比较烂

sobereva 发表于 2023-11-22 19:11
“200个分子二聚体文件(文件太大无法上传)” 压缩了不就能上传了

计算化学研究者应当了解的文件压缩的常 ...

多谢社长提醒，今后一定改正，已压缩上传。

“200个分子二聚体文件(文件太大无法上传)” 压缩了不就能上传了

计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）