Gromacs计算RMSD的参考选择最后一帧合理吗？

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发布时间: 2023-11-22 23:26

本帖最后由 yaoshi1206 于 2023-11-22 23:28 编辑请教老师们一个问题，在gmx 的配体（ligand）与蛋白骨架（backbone）的RMSD计算中，选择模拟剂的最后一帧作为参考合理吗？初始的复合物是通过分子对的方式得到的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-11-24 07:09:11

取决于你算RMSD想干嘛
用最后一帧算RMSD也有人这么做，参考J. Chem. Phys., 109, 10115 (1998)

Azrael 发表于 Post on 2023-11-23 16:47:53

不合理啊朋友，你的RMSD目的就是看在一定尺度内是否能够稳定收敛，你这个图就是以最后一帧做得吧，很显然跟你的初始构象相差很大，我建议你优化下蛋白，不行的话重新挑一个对接POSE，并且把时间拉长到200ns看看效果

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