ggdh 发表于 2023-11-23 14:35
柔性扫描，导致其他键长键角二面角的改变，可能会使得这些改变对应的分子力学的势能面比较崎岖。你先试试 ...

也就是说initial parameter这条曲线实际上不止有二面角的能量，还通过力场计算了其他的部分，所以会变得很崎岖？

渡边京介 发表于 2023-11-23 12:35
当我在top文件中手动更改力常数后，参数曲线也并不是平滑的高斯峰，这是什么原理呀

柔性扫描，导致其他键长键角二面角的改变，可能会使得这些改变对应的分子力学的势能面比较崎岖。你先试试刚性扫描。另外你这PM6明显是有位阻的。gaff2力场通常会高估这个位阻，导致二面角参数必须变得很大去抗衡这个位阻效应。而产生奇怪的势能面。可能的办法是调节产生位阻的原子的原子类型，使得他们之间的vdw排斥变小。