如何处理ATB获取的pdb和itp文件在gromacs中生成pdb文件时提示残疾不存在

查看数: 1282 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2023-11-23 21:30

本帖最后由 zhangfaxue 于 2023-11-23 21:36 编辑已采取模拟办法： 1、MS建立A/B/C模型保存pdb2、A/B/C在ATB中生成对应pdb和itp（选择了全原子下载、并下载了ATB的力场文件gromos54a7_atb.ff放于top文件夹下）A ...

回复 Reply

zhangfaxue 发表于 Post on 2023-11-29 21:28:48

牧生发表于 2023-11-24 07:48
你已经正确得到了itp文件，而且include了，所以这一步是多余的 “用gmx pdb2gmx -f OAW.pdb -p ASP.top - ...

多谢！

牧生 发表于 Post on 2023-11-24 07:48:42

你已经正确得到了itp文件，而且include了，所以这一步是多余的 “用gmx pdb2gmx -f OAW.pdb -p ASP.top -o OAW.gro 提示错误”。。你应该可以开始跑em了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register