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求助windows系统下用Parmed将GROMACS拓扑文件转换为Amber拓扑文件时报ValueError

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Zonglinle

发布时间: 2023-11-24 17:27

正文摘要:

我用Gromacs蛋白-配体模拟结束后的topol.top文件和复合物complex.gro，在windows系统下用python >>> Parmed，输入指令>>> gmx_top = pmd.load_file('topol.top', xyz='complex.gro')时报错，如图： ...

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Zonglinle 发表于 Post on 2023-11-25 18:51:08

sobereva 发表于 2023-11-25 05:02
AMBER03严重过时了，这年头用这个很难发文章
最起码用AMBER14SB，GROMACS官网上有GROMACS的力场包。就算死 ...

明白了sob大大，我重跑一个

sobereva 发表于 Post on 2023-11-25 05:02:20

AMBER03严重过时了，这年头用这个很难发文章
最起码用AMBER14SB，GROMACS官网上有GROMACS的力场包。就算死活非要用GROMACS直接自带的，那也应该是AMBER99SB-ILDN

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