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周期性弱相互作用的图,下方有一个绿色的范德华等值面是什么情况?

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发布时间: 2023-11-25 16:10

正文摘要:

本帖最后由 Elden、Lord 于 2023-12-1 12:54 编辑 各位大佬,我用multiwfn和cp2k进行弱相互作用分析,做出的图在vmd中打开,下方有一个绿色的范德华等值面,这个是什么情况,可以去掉他吗?

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-12-8 18:22:27
Elden、Lord 发表于 2023-12-8 13:25
只选两个片段就是这样的

没明显问题
等值面数值取得太小,导致等值面过于膨胀
sobereva 发表于 Post on 2023-12-8 10:50:09
Elden、Lord 发表于 2023-12-8 09:39
是使用的multiwfn里的
11.IGM analysis based on Hirshfeld partition of molecular density (IGMH) (J ...

明显定义两个片段就够了,CO一个,其它部分一个

我作的IGMH图和你的明显不一样
Elden、Lord 发表于 Post on 2023-12-8 09:39:32
sobereva 发表于 2023-12-7 15:53
看起来是IGM而非IGMH

哪来的5个分子

是使用的multiwfn里的
11.IGM analysis based on Hirshfeld partition of molecular density (IGMH) (JCC, 43, 539) 选项

应该是5个原子Co,N,N,O,O

是想要研究N,O对吸附CO的弱相互作用。
sobereva 发表于 Post on 2023-12-7 15:53:35
Elden、Lord 发表于 2023-12-7 15:10
sob老师,我根据您发的帖子,重新使用IGMH分析了弱相互作用,请问这样是正确的吗?这是Isovalue为0.004时 ...

看起来是IGM而非IGMH

哪来的5个分子

输出文件内容混乱,一团糟,根本没法判断计算情况

怎么设片段取决于你想研究什么。这图丑死了
Elden、Lord 发表于 Post on 2023-12-5 20:48:40
sobereva 发表于 2023-12-2 12:13
没看到你的输出文件,没法判断SCF收敛情况。波函数质量太差可能会导致那种情况

对你的结构我用PBE/DZVP- ...

好的,感谢sob老师,我这里可能用的波函数不合适。我再试一试,十分感谢您。
sobereva 发表于 Post on 2023-12-2 12:13:10
没看到你的输出文件,没法判断SCF收敛情况。波函数质量太差可能会导致那种情况

对你的结构我用PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH结合XY二维周期性,molden文件和输入输出文件都在附件里,用Multiwfn+VMD得到的RDG图完全正常
Desktop.rar (2.38 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)





另外,这个体系用IRI或IGMH明显更合适
Elden、Lord 发表于 Post on 2023-12-1 12:57:07
sobereva 发表于 2023-11-26 02:45
不要用“周期性弱相互作用的图”来描述,Multiwfn对周期性支持的图形化考察弱相互作用方法不止一种,必须说 ...

感谢sob老师回复,文件已经添加了。
另外我是参考您发的这篇博客做的。
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 http://sobereva.com/588
sobereva 发表于 Post on 2023-11-26 02:45:01
不要用“周期性弱相互作用的图”来描述,Multiwfn对周期性支持的图形化考察弱相互作用方法不止一种,必须说清楚方法,仔细看
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.com/667http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html


首先确保用的是Multiwfn最新版本,molden文件里正确加入了[Cell]信息。如果能确保,压缩molden文件上传到网盘并提供下载链接,产生molden文件的CP2K输入文件一并提供。
sobereva 发表于 Post on 2023-11-26 02:42:49

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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