Gromacs跑MD小分子跑出盒子

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发布时间: 2023-11-27 12:21

本帖最后由七尺贱于 2023-11-27 12:24 编辑各位老师好，我在气液界面真空区上方放置了一个小分子，想看小分子能否自发进入液相，初始位置如图1所示。这个小分子会向上运动离开盒子，然后从下方进入液相，图1 ...

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七尺贱 发表于 Post on 2023-11-28 09:29:05

sobereva 发表于 2023-11-28 03:50
做动力学模拟要对背景知识有点最基本的了解

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsc ...

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2023-11-28 03:50:58

做动力学模拟要对背景知识有点最基本的了解

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

七尺贱 发表于 Post on 2023-11-27 21:15:56

snljty2 发表于 2023-11-27 16:57
因为你模拟设置了Periodic Boundary Condition，再正常不过。

是正常的吗，那就行，谢谢您的回复

snljty2 发表于 Post on 2023-11-27 16:57:02

因为你模拟设置了Periodic Boundary Condition，再正常不过。

七尺贱 发表于 Post on 2023-11-27 12:25:03

@Lacrimosa 求助大佬

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