从配体结构叠加图来看没什么不合理的

弄清楚文献里算配体的RMSD是怎么算的，是先对配体做align然后算配体的RMSD，还是先对backbone做align然后算配体的RMSD。不同情况没有可比性。另外，弄清楚计算方式是否有误，通常用第一帧作为参考帧计算RMSD，但从配体的RMSD曲线图上看似乎第一帧RMSD不是0，明显有问题。