gmx跑完蛋白配体复合物的模拟后生成的RMSD值，小分子的Y值波动空间和复合物的不一致

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发布时间: 2023-11-29 09:24

请问各位老师，我用gromacs2018跑了一个蛋白-配体复合物的模拟，模拟结束后生成RMSD，蛋白与复合物的RMSD较为吻合，但是配体的差异较大，请问这样正常吗？ charmm36力场，小分子配体力场文件由CGenFF生成，模拟 ...

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Ribes 发表于 Post on 2023-12-2 14:17:55

sobereva 发表于 2023-12-2 11:07
本来蛋白质-配体复合物绝大多数原子就是蛋白质的原子，显然蛋白质和复合物的RMSD曲线相似度必然很高。配 ...

明白了，谢谢sob老师的耐心解答！

sobereva 发表于 Post on 2023-12-2 11:07:13

Ribes 发表于 2023-12-1 14:41
不好意思sob老师，是我表述的不清楚。蛋白与配体的动力学模拟完后，我发现复合物和蛋白的RMSD在2.75附近 ...

本来蛋白质-配体复合物绝大多数原子就是蛋白质的原子，显然蛋白质和复合物的RMSD曲线相似度必然很高。配体和复合物的特征差异就大了去了

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Ribes 发表于 Post on 2023-12-1 14:41:48

sobereva 发表于 2023-12-1 06:32
语义不明
什么叫差异较大，跟什么比差异较大，完全不知道在说什么

不好意思sob老师，是我表述的不清楚。蛋白与配体的动力学模拟完后，我发现复合物和蛋白的RMSD在2.75附近波动，且波动频率基本吻合。但是小分子配体的RMSD在0.25附近波动，请问这样的现象是正常的吗？谢谢sob老师的回复！

sobereva 发表于 Post on 2023-12-1 06:32:24

语义不明
什么叫差异较大，跟什么比差异较大，完全不知道在说什么

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