packmol建模后使用gmx editconf建立盒子并生成gro文件时出错

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发布时间: 2023-11-29 21:36

本帖最后由 zhangfaxue 于 2023-11-29 21:39 编辑 1、使用packmol建模后（根据指定密度，确定了盒子大小和分子数量，固定了不同种类分子所在位置等）保存PDB文件，用于gromacs模拟，但是保存的pdb文件都是坐标文 ...

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zhangfaxue 发表于 Post on 2023-12-1 15:34:03

Jotaro 发表于 2023-12-1 11:43
packmol输入文件加上add_box_sides 1.2 ，然后在能量最小化的命令中 -c 你的pdb文件

谢谢指导

zhangfaxue 发表于 Post on 2023-12-1 15:33:22

sobereva 发表于 2023-12-1 06:11
pdb文件的CRYST1字段就是用来记录晶胞信息的

谢谢老师！

Jotaro 发表于 Post on 2023-12-1 11:43:23

packmol输入文件加上add_box_sides 1.2 ，然后在能量最小化的命令中 -c 你的pdb文件

sobereva 发表于 Post on 2023-12-1 06:11:55

pdb文件的CRYST1字段就是用来记录晶胞信息的

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