gmx跑电解质体系的碱金属离子LJ参数选取问题

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发布时间: 2023-11-30 23:28

请问下各位老师，我用gmx跑电解质体系经典MD（力场GAFF）的时候需要确定体系中碱金属离子（Li+,Na+等）的LJ参数，发现文献(J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 6, 1499–1509)中的数值被引用较多，但是原文Table 2 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-12-2 11:03:47

wangyueda 发表于 2023-12-1 12:04
好的，谢谢卢老师。还有一个小问题想请教您，就是Merz文章(JCTC, 2015, 11(4): 1645-1657)中给的LJ参数为 ...

是

wangyueda 发表于 Post on 2023-12-1 11:57:47

dumsky2019928 发表于 2023-12-1 03:39
建议使用merz离子力场，amber官网上给了参考文献https://ambermd.org/AmberModels_ions.php

好的，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2023-12-1 05:18:02

wangyueda 发表于 2023-12-1 00:41
好的，谢谢卢老师。同样的对于Na+,这篇文章(J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 677−687)的ε则大 ...

不同文献里的参数的主要应用场合往往不一样，必须看原文弄清楚其参数适合研究什么情况，跟自己情况吻合的才适合用。Merz的离子力场面向不同的属性都拟合了不同的参数，而且数值往往相差还很多。由于原子电荷+LJ势这种模型非常简单，不可能有一套参数能把所有问题都描述得非常理想。

dumsky2019928 发表于 Post on 2023-12-1 03:39:07

建议使用merz离子力场，amber官网上给了参考文献https://ambermd.org/AmberModels_ions.php

sobereva 发表于 Post on 2023-12-1 00:09:54

碱金属阳离子没有价电子，极化率非常小，这种数值没什么必然的异常

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