求助多糖分子在DES中，能量最小化失败，NVT崩溃

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发布时间: 2023-12-4 09:56

采用packmol构建溶剂盒子5*5*5nm，体系中有1个多糖分子，DES分子（十四烷基三甲基溴化铵：乳酸，个数=30个：120个），FeCl3 2个（见：20231204.pdb） gmx editconf将盒子pdb文件转为gro文件，用各个分子的fchk文件 ...

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Tang2023 发表于 Post on 2023-12-6 08:44:28

感谢sob老师的回答，问题已解决

sobereva 发表于 Post on 2023-12-4 10:31:32

没有叫multiwave的程序

搞清楚力场兼容性关系。有机小分子用sobtop产生的是基于GAFF的力场的拓扑文件，显然不能跟CHARMM力场结合使用

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