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求助多糖分子在DES中,能量最小化失败,NVT崩溃

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发布时间: 2023-12-4 09:56

正文摘要:

采用packmol构建溶剂盒子5*5*5nm,体系中有1个多糖分子,DES分子(十四烷基三甲基溴化铵:乳酸,个数=30个:120个),FeCl3 2个(见:20231204.pdb) gmx editconf将盒子pdb文件转为gro文件,用各个分子的fchk文件 ...

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Tang2023 发表于 Post on 2023-12-6 08:44:28
感谢sob老师的回答,问题已解决
sobereva 发表于 Post on 2023-12-4 10:31:32
没有叫multiwave的程序

搞清楚力场兼容性关系。有机小分子用sobtop产生的是基于GAFF的力场的拓扑文件,显然不能跟CHARMM力场结合使用

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