sobereva 发表于 2023-12-7 02:43 社长，您的回复我没看到，请问这种情况应该是哪里的问题？ |
sobereva 发表于 2023-12-7 02:43 社长，我做了一下乙醇的溶剂化自由能，用的是amber03力场，得到的结果是4.04 +/- 1.16，但是乙醇的溶剂化自由能应该是-19左右，您觉得问题可能出现在哪？附上结构以及参数文件 |
本帖最后由 Lance先生 于 2023-12-7 19:15 编辑 喵星大佬 发表于 2023-12-7 03:02 我是用在线的TPPmkTOP和LigParGen产生的，发现有些有机分子始终产生不了OPLS力场下拓扑文件。我有一个误区，就是我以为水分子只能用OPLS力场下的拓扑，现在知道了，谢谢了。 |
sobereva 发表于 2023-12-7 02:43 学生愚昧，看懂了，谢谢社长 |
| 你先把分子的键连接关系画对，还有你怎么产生拓扑的 |
Lance先生 发表于 2023-12-6 19:48 完全看不懂你的意思 得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件多好 用GAFF力场时，可以用gromacs自带的任意AMBER力场目录下的任意水模型的itp文件做模拟，水的力场参数是相应水模型定义的。至少用SPC/E |
sobereva 发表于 2023-12-6 07:34 是这样的社长，现在这种有机物的OPLS力场下的拓扑文件不能产生，而水分子只能用OPLS力场下的拓扑，所以这种有机物的溶剂化自由能得不到，是吗？ |
Lance先生 发表于 2023-12-5 19:47 水一律用专门的水模型 |
sobereva 发表于 2023-12-5 02:31 可是社长，我在做这些分子的溶剂化自由能，水的力场可以用GAFF吗？水的话不是最好用OPLS力场吗？ |
| 这种体系至少用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）基于GAFF力场是完全可以产生拓扑文件的 |
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