Observer-Aya 发表于 2024-4-22 13:53
给个建议，用第一性原理几何优化一遍再用build bonds就能让整个模型的结构和键的配位正常，不过我很好奇， ...

抱歉刚看到您的回复，我是做纳米流体偏多一点，主要是想做一下摩擦系数同时结合一点实验，分子动力学摩擦磨损计算时间真的很长，建议尽早开始，当然这个和体系原子数也相关。想问一下您提到的第一性原理是指使用vasp吗，因为没有接触过这个方面，请问上手会不会难度较高

给个建议，用第一性原理几何优化一遍再用build bonds就能让整个模型的结构和键的配位正常，不过我很好奇，楼主你的分子动力学摩擦磨损做的怎么样了，我们组最近也想做这个分子动力学模拟，想大概了解一下。

乐平 发表于 2023-12-5 10:29
看起来的“化学键”其实只是软件“显示的连接方式”，并不是真的化学键。

你如果不想看到它，完全可以在 ...

您好，十分感谢您的指导，因为在盒子中，”异常键“较多，请问这种“异常键”只能是手动选择，并一个一个修改吗，在没有修改之前我转了data，同时在data里有“异常键”的成键信息，所以影响严重，只能去除“异常键”，再次感谢您的指导

看起来的“化学键”其实只是软件“显示的连接方式”，并不是真的化学键。

你如果不想看到它，完全可以在键盘上按 delete 键把它删掉。

也可以在 MC 里先选择你要修改的两个原子，然后找到 Bond Options ——> Connectivity Options 进行调整，修改所谓的“成键范围”  From  XXX  to  YYY（其中 XXX 和 YYY 分别是最小值和最大值）。最后点击 Calculate 就能重新计算“键长”。如下图所示。

在最小值和最大值之间的范围都被 MS “显示成化学键”。