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初始结构两部分离那么远干嘛 既然同时优化，就必然想要得到复合的结构，一开始离那么远可能导致受力过小，老也结合不到一起去；就算最后结合到一起去了，也会浪费大量步数 此外，这种体系用DFT优化前，用GFN-xTB或半经验预优化能节约巨量时间 这种体系也根本就不应该直接这么优化，得到的几乎一定是能量较高的复合物结构。应当做构型搜索，参考 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html |
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