VMD载入原晶体的gro文件（Multiwfn载入cif，之后主功能100的子功能2可以导出gro格式），保存新的gro文件时用恰当的选择语句扣除两个分子。然后VMD再载入保存出的这个体系，也同时载入sobtop产生的小分子的gro文件，在VMD里把小分子分别挪到合适的位置，之后保存这个分子成为gro文件，最后自行把两个gro文件合并到一起。