在用gromacs进行pull操作遇到报错

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发布时间: 2023-12-6 20:48

本帖最后由姜酱将于 2023-12-6 21:30 编辑下面是我建立的一个模型文件，想实现的功能是固定下方的石墨烯板，给上方式加一定大小的力以模拟一定压强下的乙烷的压缩过程。盒子的长度为15nm，上下石墨烯的距离为6 ...

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姜酱将 发表于 Post on 2023-12-8 13:35:21

Frozen-Penguin 发表于 2023-12-8 13:17
虽然你的拉力只沿Z方向，但是计算拉力用到的距离信息在XYZ方向上计算的，所以只在Z方向扩大盒子无法解决报 ...

多谢，我加了这个之后就不会出现这个报错了

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-12-8 13:17:45

虽然你的拉力只沿Z方向，但是计算拉力用到的距离信息在XYZ方向上计算的，所以只在Z方向扩大盒子无法解决报错，加上pull-coord1-dim = N N Y，这样就不会计算XY方向的距离

姜酱将 发表于 Post on 2023-12-7 21:07:42

Graphite 发表于 2023-12-7 19:54
这种情况下COM Pulling意义不大，还不如正常一个纯乙烷盒子，各向异性控压。

我是想实现用这样的案例实现一下pull过程，并不是需要做相关的工作的

，但是碰到了这样的问题

Graphite 发表于 Post on 2023-12-7 19:54:28

这种情况下COM Pulling意义不大，还不如正常一个纯乙烷盒子，各向异性控压。

姜酱将 发表于 Post on 2023-12-7 14:20:05

顶一下

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