求助Reaxff中reaxff/species设定问题

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发布时间: 2023-12-6 21:39

各位大佬好！我是做纤维素热解燃烧模拟的，现在遇到问题，需要大佬帮忙。为什么设定fix 2 reaxff/species 1 100 100 species_1600.out element C H O时，得到的species文件显示弛豫过程发生了反应。

回复 Reply

被科研狠狠摩擦 发表于 Post on 2024-3-4 20:33:54

你好，我想请问一下你分析出来的物种，用什么软件进行后处理，看他的反应轨迹呢

Guomengsheng 发表于 Post on 2024-2-4 11:14:55

你好，我也是做纤维素热解的，可以交流一下吗 qq2487826169

15210268712 发表于 Post on 2023-12-7 16:18:10

含光君发表于 2023-12-7 14:34
盒子里的填充密度符合实际环境下的情形即可，一方面当然需要避免填充过密，而填稀疏了话也会在后面NPT步 ...

哦哦，明白啦，谢谢大佬。此外，还有一个疑问，我用NPT系综升温，当温度达到3000K时，密度下降到0.000184，这是正常的吗？新手小白，疑问较多，麻烦大佬费心指导了

含光君 发表于 Post on 2023-12-7 14:34:14

15210268712 发表于 2023-12-6 22:16
谢谢大佬回复，那修改data文件，减小模型密度是不是也可以解决问题呀？一般建模密度应该设定为多少呀？

盒子里的填充密度符合实际环境下的情形即可，一方面当然需要避免填充过密，而填稀疏了话也会在后面NPT步骤中平衡到合理的密度。

15210268712 发表于 Post on 2023-12-6 22:16:29

含光君发表于 2023-12-6 21:49
可能因为统计时候因为氧分子和你的纤维素挨太近被误识别为分子了。修改cutoff关键词更改成键判定的阈值，见 ...

谢谢大佬回复，那修改data文件，减小模型密度是不是也可以解决问题呀？一般建模密度应该设定为多少呀？

含光君 发表于 Post on 2023-12-6 21:49:05

本帖最后由含光君于 2023-12-6 21:56 编辑

可能因为统计时候因为氧分子和你的纤维素挨太近被误识别为分子了。修改cutoff关键词更改成键判定的阈值，见https://docs.lammps.org/fix_reaxff_species.html

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