sobereva 发表于 2023-12-19 12:44 非常感谢sob老师您提供的帮助！ |
zlinbm 发表于 2023-12-18 09:24 从等值面的分布上看似乎是 我自己没检验过CP2K的QM/MM数据出的potential的cube文件是什么情况，实在搞不清楚可以问问开发者 Multiwfn的定量分子表面分析功能不是用于这种情况的。通常需要以有波函数信息的文件作为输入文件 |
sobereva 发表于 2023-12-16 23:39 非常感谢sob老师您的指导！ |
zlinbm 发表于 2023-12-16 03:29 不能。本来静电势就是QM部分产生的，自然只记录QM部分的原子坐标。如果要记录MM水的，自己修改cub文件添加进去 CP2K产生cube文件的bug（在我来看是bug） |
本帖最后由 zlinbm 于 2023-12-16 18:23 编辑 sobereva 发表于 2023-12-15 22:07 @sobereva sob老师您好，是的，请问我在QMMM/Print/Potential这个部分可以记录水分子的坐标吗？ 还有一个问题想向您请教，在我上面展示的cube文件中。原子核的有效电荷数都是0，请问这是为什么呢？ |
zlinbm 发表于 2023-12-15 18:13 没看懂你的意思 你是嫌cube文件里坐标部分记录的不是你的水分子？ |
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@sobereva sob老师您好，可以请问您一个问题吗？我想计算水分子原子在QM/MM计算过程中受到来自QM部分的Electrostatic Potential，但是用&INP\FORCE_EVAL\QMMM\PRINT\POTENTIAL得出的cube文件是关于qm部分的那53个原子。请问您有什么好的建议吗？ |
sobereva 发表于 2023-12-14 13:25 @sobereva 非常感谢sob老师您的回复！ |
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Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用 http://sobereva.com/125 |
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