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VMD里输入指令topo retypedihedral报错求助

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Olive.Lv

发布时间: 2023-12-15 14:14

正文摘要:

我用packmol建模，然后根据帖子lammps和gromacs聚合物建模的方法 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)用vmd给原子附上电荷啥的，我输入指令topo retypedihedral，然后出现报错Unknown top ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-12-15 20:28:13

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:40
topo clearbonds
topo clearangles
topo cle ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva 发表于 Post on 2023-12-15 20:27:52

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “TKConsle输入” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

Olive.Lv 发表于 Post on 2023-12-15 14:40:02

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:39
谢谢老师，我刚刚也发现了问题的所在，请问您会写tcl脚本吗，我不太清楚脚本的结构写了一个简单的，您能 ...

topo clearbonds
topo clearangles
topo cleardihedrals
topo clearimpropers

topo guessbonds
topo guessangles
topo guessdihedrals

topo retypebonds
topo retypeangles
topo retypedihedrals

mol reanalyze top
topo writelammpsdata mysystem.data

Olive.Lv 发表于 Post on 2023-12-15 14:39:02

Frozen-Penguin 发表于 2023-12-15 14:34
少写了一个s
retypedihedrals

谢谢老师，我刚刚也发现了问题的所在，请问您会写tcl脚本吗，我不太清楚脚本的结构写了一个简单的，您能帮我看一下吗

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-12-15 14:34:21

少写了一个s
retypedihedrals

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