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用vaspkit处理原子着色遇到问题

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发布时间: 2023-12-15 21:41

正文摘要:

各位老师好,我用vaspkit处理bader电荷的文件,vaspkit教程上说要生成bader.pqr文件,我前面的文件都拿到了,到最后一步的时候出现了这种报错,请问各位老师这种情况该怎么解决?谢谢

回复 Reply

VASP-Ruiger 发表于 Post on 2025-4-13 11:05:01
遇到同样的问题,已解决。首先 which python3,查看系统里python3的安装路径,我的是“/public/apps/anaconda3/bin/python3”,然后vi ~/.vaspkit,进去后找到“PYTHON_BIN      ~/anaconda3/bin/python3”,将~/anaconda3/bin/python3替换成/public/apps/anaconda3/bin/python3,后面就能正常使用了
灰飞的旋律 发表于 Post on 2024-9-21 17:55:14
whg 发表于 2024-6-20 15:29
请问你的问题解决了吗?我也遇到了同样的问题

这是因为你还没在.vaspkit文件中设置python的路径,你在你的账户下which python找到路径,复制到.vaspkit文件中,保存后,再source几遍.bashrc文件
whg 发表于 Post on 2024-6-20 15:29:18

请问你的问题解决了吗?我也遇到了同样的问题
akun 发表于 Post on 2024-1-2 21:28:37
pal 发表于 2023-12-26 10:00
你现在的报错信息还是在/home/wang/anaconda3/bin/python3找不到么

是的老师
pal 发表于 Post on 2023-12-26 10:00:00
akun 发表于 2023-12-26 09:44
我 之 前 弄 了 一 个 python, 把 路 径 弄 成 /home/wang/anaconda3/bin/了,但还是不行,结果发现服务 ...

你现在的报错信息还是在/home/wang/anaconda3/bin/python3找不到么
akun 发表于 Post on 2023-12-26 09:44:56
akun 发表于 2023-12-26 09:39
不是,老师,是这个
which python
  /u s r/bin/python

我 之 前 弄 了 一 个 python, 把 路 径 弄 成 /home/wang/anaconda3/bin/了,但还是不行,结果发现服务器上还有一个python,路径是这个/u s r/bin/python,
akun 发表于 Post on 2023-12-26 09:39:37
pal 发表于 2023-12-25 14:11
那就是路径里已经有python的位置了,命令行输入which python3出现的路径是/home/wang/anaconda3/bin/么

不是,老师,是这个
which python
  /u s r/bin/python
pal 发表于 Post on 2023-12-25 14:11:39
akun 发表于 2023-12-25 12:49
老师。输入python3 和运行vaspkit 508功能,都会出现一下的信息,请问这种情况该怎么处理呢?

508

那就是路径里已经有python的位置了,命令行输入which python3出现的路径是/home/wang/anaconda3/bin/么
akun 发表于 Post on 2023-12-25 12:49:09
pal 发表于 2023-12-25 09:24
直接在命令行输入python3看看找不找得到呗,可能1:python版本不对,可能2:改了环境变量,没有source生效

老师。输入python3 和运行vaspkit 508功能,都会出现一下的信息,请问这种情况该怎么处理呢?

508
Python 3.6.8 (default, Nov 14 2023, 16:29:52)
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

python3
Python 3.6.8 (default, Nov 14 2023, 16:29:52)
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
pal 发表于 Post on 2023-12-25 09:24:49
直接在命令行输入python3看看找不找得到呗,可能1:python版本不对,可能2:改了环境变量,没有source生效
akun 发表于 Post on 2023-12-25 09:18:58

老师,我把python放到环境变量里面了,但还是出现跟上面一样的报错信息,不知道是什么原因引起的
akun 发表于 Post on 2023-12-25 09:18:33
akun 发表于 2023-12-19 20:19
老师您好,请问Anaconda环境以及python运行路径怎么设置?我是编程小白一枚,且服务器上只有python, ...

老师,我把python放到环境变量里面了,但还是出现跟上面一样的报错信息
shinkon 发表于 Post on 2023-12-20 02:12:16
akun 发表于 2023-12-19 20:19
老师您好,请问Anaconda环境以及python运行路径怎么设置?我是编程小白一枚,且服务器上只有python, ...

可以啊
akun 发表于 Post on 2023-12-19 20:19:48
Weldingspock 发表于 2023-12-17 12:38
这个是显示你没有设置Anaconda环境以及python运行路径

老师您好,请问Anaconda环境以及python运行路径怎么设置?我是编程小白一枚,且服务器上只有python,我把python里的路径放到环境变量中是否可行?

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