gmx hhond 计算非N/O元素作为氢键受体的氢键数时出错

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发布时间: 2023-12-15 21:43

老师好，我要计算四乙基氯化铵（四乙基铵阳离子和氯离子组成）和丙三醇之间的氢键数目。按照讲义上的方法将Cl改成O产生tpr文件，基于这个tpr和之前的轨迹用gmx hbond计算氢键，但氢键数为0。红外表征四乙基氯化铵和 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-12-15 22:24:57

yilan 发表于 2023-12-15 22:10
将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊？

-a和-r，看gmx hbond的help

yilan 发表于 Post on 2023-12-15 22:10:47

sobereva 发表于 2023-12-15 21:51
没拓扑文件，没法判断你怎么改的

由于氯的原子半径大，氢键判断键长阈值需要适当增加。键角阈值也尝试改 ...

将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊？

sobereva 发表于 Post on 2023-12-15 21:51:59

没拓扑文件，没法判断你怎么改的

由于氯的原子半径大，氢键判断键长阈值需要适当增加。键角阈值也尝试改大

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