求助：VMD计算得到的MSD曲线与GROMACS的gmx msd得到的MSD曲线有差异的原因是什么

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发布时间: 2023-12-17 16:42

各位老师好，我通过GROMACS运行了蒙脱石与Nacl溶液体系（图1），想计算体系中某块区域离子的扩散系数。我的想法是利用VMD软件的RMSD工具选区域并计算得到RMSD的数据，接着通过平方计算得到MSD，之后拟合获得离子的扩 ...

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高章磊 发表于 Post on 2025-5-21 13:36:21

我用python处理lammps的dump文件.lammpstrj得到了和你图三极为相似的结果，请问你最后是怎么将数据平滑的？

sobereva 发表于 Post on 2023-12-18 23:33:04

wuxiaofei 发表于 2023-12-18 10:53
谢谢老师，主要我想计算部分区域，VMD刚好可以选区，那这样是不就得自己写脚本计算了

事情没那么简单。你选的区域里的粒子在模拟过程中可能中途跑出你感兴趣的区域

wuxiaofei 发表于 Post on 2023-12-18 10:53:24

sobereva 发表于 2023-12-18 01:01
你把RMSD取平方之后，会看到平直得多，如下面北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/w ...

谢谢老师，主要我想计算部分区域，VMD刚好可以选区，那这样是不就得自己写脚本计算了

sobereva 发表于 Post on 2023-12-18 01:07:24

yijiexia 发表于 2023-12-17 21:52
RMSD=Root Mean Square Deviation， MSD=Mean Square Displacement，MSD≠RMSD^2

当前语境下，MSD=RMSD^2。两个D此时是一码事

sobereva 发表于 Post on 2023-12-18 01:01:41

你把RMSD取平方之后，会看到平直得多，如下面北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt所示

此外，VMD的那个插件不考虑下面培训班ppt所示的不同时间段的平均，统计误差比用gmx msd大得多，也因此噪音大得多。诸如CP2K等其它程序跑AIMD需要算MSD时我都建议借用gmx msd来算。

yijiexia 发表于 Post on 2023-12-17 21:52:12

RMSD=Root Mean Square Deviation， MSD=Mean Square Displacement，MSD≠RMSD^2

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