求助：IRC计算中如何固定/指定反应坐标

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发布时间: 2016-10-9 00:12

本帖最后由 fresco604 于 2016-10-9 00:17 编辑在我的一个IRC计算中，从一个minima A到另外一个minima B唯一的区别就是一个二面角dihedral angle的转换，但是在我的IRC计算中，有时除了该二面角，别的二面角可能 ...

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fresco604 发表于 Post on 2016-10-9 21:02:09

sobereva 发表于 2016-10-9 12:43

谢谢！我再重新优化一下过渡态

fresco604 发表于 Post on 2016-10-9 21:00:39

librakitty 发表于 2016-10-9 01:11
之前我倒是遇到一种情况，构型变化就是一个键的角度发生变化，两个构型实际上是对称结构，这个例子就在北 ...

谢谢不过我的两个minima倒确实不是mirror image，就是一个dihedral angle有不同

sobereva 发表于 Post on 2016-10-9 12:43:15

fresco604 发表于 2016-10-9 00:42
哦，原来是这样，可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊，实在不知道怎么才能找到一个 ...

librakitty 发表于 Post on 2016-10-9 01:11:19

fresco604 发表于 2016-10-9 00:42
哦，原来是这样，可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊，实在不知道怎么才能找到一个 ...

之前我倒是遇到一种情况，构型变化就是一个键的角度发生变化，两个构型实际上是对称结构，这个例子就在北师大的一本计算化学实验书上有，我觉得吧你应该仔细对比一下你的两个结构再决定。祝好运！

fresco604 发表于 Post on 2016-10-9 00:42:38

sobereva 发表于 2016-10-9 00:40
明显是过渡态定位不准所致。跟nosymm毛关系也没有。

哦，原来是这样，可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊，实在不知道怎么才能找到一个准确的过渡态

fresco604 发表于 Post on 2016-10-9 00:40:25

sobereva 发表于 2016-10-9 00:37
你这样做就不叫IRC了
非要此过程中不允许其它二面角变动，就对希望变动的二面角做柔性扫描，用F约束其它二 ...

谢谢指教，另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态，要么就都只回到末态，导致我的IRC曲线是对称的，是不是需要一个nosymm指令之类的？

sobereva 发表于 Post on 2016-10-9 00:40:11

fresco604 发表于 2016-10-9 00:39
另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态，要么就都只回到末态，导致我的IRC ...

明显是过渡态定位不准所致。跟nosymm毛关系也没有。

sobereva 发表于 Post on 2016-10-9 00:37:40

你这样做就不叫IRC了
非要此过程中不允许其它二面角变动，就对希望变动的二面角做柔性扫描，用F约束其它二面角运动。

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