计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

用CI-NEB搜索过渡态时显示“KILLED BY SIGNAL:9(killed)报错怎么解决?

查看数: 2169 | 评论数: 12 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2023-12-20 17:13

正文摘要:

各位,我在CP2K中用CI-NEB搜索过渡态时老是显示以下报错是怎么回事,我修改不同参数进行了很多次尝试,不过还是不行,请问各位有什么好的解决办法,望不吝赐教,非常感谢!反应物,产物和输入文件在附件

回复 Reply

科研好难 发表于 Post on 2023-12-27 21:57:23
sobereva 发表于 2023-12-27 01:21
前面说了,尝试psmp版

sob老师,好像没什么用哎,我用psmp版算5个点还是同样的报错哎,我打开了内存实时查看,一提交计算使用的内存就会急剧增加,不过就几秒的时间就报错了,这个时候内存也还剩200G左右啊。sob老师,还有k点对耗内存的影响打不打?
sobereva 发表于 Post on 2023-12-27 01:21:40
科研好难 发表于 2023-12-26 21:39
sob老师,我另一个帖问了您反应物,产物优化后的能量和搜索过渡态的能量不一致,您让我把相关能量的设置 ...

前面说了,尝试psmp版
科研好难 发表于 Post on 2023-12-26 21:39:44

sob老师,我另一个帖问了您反应物,产物优化后的能量和搜索过渡态的能量不一致,您让我把相关能量的设置设成一样的,为了验证能量能否一致,我想着把7个点改成5个点,CUTOFF和REC-CUTOFF从300,35提到和优化一致的600,55,k点从1,1,1提到2,2,1验证一下,结果一提交计算还是本帖一样的报错,sob老师,256G内存5个点都算不了,是不是有点夸张了,按这个情况的话,我这个体系搜索过渡态根本就做不了,老师,您看您有什么好的建议可以帮帮我吗?属实没辙了,导师又催得紧
sobereva 发表于 Post on 2023-12-22 21:40:20
科研好难 发表于 2023-12-22 21:04
sob老师,我最后试了一下将CUTOFF和REC-CUTOFF降到300和35,总点数从9降到7,然后就已经开始计算了,这是 ...

科研好难 发表于 Post on 2023-12-22 21:04:19
sobereva 发表于 2023-12-22 15:57
诸如10个副本,内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨,别小瞧了

sob老师,我最后试了一下将CUTOFF和REC-CUTOFF降到300和35,总点数从9降到7,然后就已经开始计算了,这是不是说明之前的报错真的是内存不够导致的?
科研好难 发表于 Post on 2023-12-22 17:56:56
sobereva 发表于 2023-12-22 16:14
不能

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的 ...

好的,谢谢sob老师,我再研究研究
sobereva 发表于 Post on 2023-12-22 16:14:35
科研好难 发表于 2023-12-22 16:12
好的sob老师,那这个可以储存到硬盘里吗?服务器装了一个16TB的硬盘

不能

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt关于内存使用问题




还可以用psmp版让每个副本只用OpenMP方式并行节约内存
科研好难 发表于 Post on 2023-12-22 16:12:25
sobereva 发表于 2023-12-22 15:57
诸如10个副本,内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨,别小瞧了

好的sob老师,那这个可以储存到硬盘里吗?服务器装了一个16TB的硬盘
sobereva 发表于 Post on 2023-12-22 15:57:36
科研好难 发表于 2023-12-22 11:48
sob老师,副点的out文件没有什么可用的信息呢,我256G的内存,应该不是内存不够的原因吧,请问老师还有什 ...

诸如10个副本,内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨,别小瞧了
科研好难 发表于 Post on 2023-12-22 11:48:42
sobereva 发表于 2023-12-21 03:38
看副本的out文件里的信息判断原因

sob老师,副点的out文件没有什么可用的信息呢,我256G的内存,应该不是内存不够的原因吧,请问老师还有什么可能的原因吗?
sobereva 发表于 Post on 2023-12-21 03:38:38
看副本的out文件里的信息判断原因

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 00:25 , Processed in 0.564021 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list