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zeo++可视化图的问题

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发布时间: 2023-12-21 11:25

正文摘要:

请问有大佬有做过zeo++的可视化vmd图吗,我做出来的感觉没有文献中的那种立体感,请问有人知道是什么原因吗(我做的是下面这张图

回复 Reply

JCenter 发表于 Post on 2025-2-15 22:06:21
aerogel 发表于 2024-12-26 21:31
你好,可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗

在zeovis目录下有一个文件README,里面有详细的过程
aerogel 发表于 Post on 2024-12-27 15:08:04
Alan123 发表于 2024-4-4 10:41
您好,请问我在Linux上面运行zeovis,没有显示任何错误,但是VMD还是没有图像,请问这个是咋回事呢?

同问,你解决了吗
aerogel 发表于 Post on 2024-12-26 21:31:57
JCenter 发表于 2024-1-5 14:51
非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的,zeovis估计只能在Linux系统中适用。

你好,可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗
aerogel 发表于 Post on 2024-12-26 21:29:47
wanzongliang 发表于 2023-12-26 14:28
1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug,我的vmd1.9.3没法正常运行,后使用ubuntu的linux版本解决
...

你好,可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗,我试了好多次都显示
无法删除 'ZeoVisInput.zvis': 没有那个文件或目录
qyw 发表于 Post on 2024-7-5 09:46:59
Alan123 发表于 2024-4-4 10:41
您好,请问我在Linux上面运行zeovis,没有显示任何错误,但是VMD还是没有图像,请问这个是咋回事呢?

同问,你解决了吗
Alan123 发表于 Post on 2024-4-4 10:41:12
JCenter 发表于 2024-1-5 14:51
非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的,zeovis估计只能在Linux系统中适用。

您好,请问我在Linux上面运行zeovis,没有显示任何错误,但是VMD还是没有图像,请问这个是咋回事呢?

JCenter 发表于 Post on 2024-1-5 14:51:31
wanzongliang 发表于 2023-12-26 14:28
1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug,我的vmd1.9.3没法正常运行,后使用ubuntu的linux版本解决
...

非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的,zeovis估计只能在Linux系统中适用。
wanzongliang 发表于 Post on 2023-12-26 14:28:02
JCenter 发表于 2023-12-24 02:03
zeo++中的zeovis,当我将network.exe复制到vmd目录下。在zeovis目录下运行vmd -e ZeoVis.tcl,输入指定路径 ...

1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug,我的vmd1.9.3没法正常运行,后使用ubuntu的linux版本解决
2 也可能是cssr文件的问题,我用的是cif文件没有这种问题
JCenter 发表于 Post on 2023-12-24 02:03:40
zeo++中的zeovis,当我将network.exe复制到vmd目录下。在zeovis目录下运行vmd -e ZeoVis.tcl,输入指定路径下的cssr结构文件。但是没有在打开的vmd中载入任何图像,有一行提示是:child process exited abnormally.楼主您有遇到过这个问题吗。
wanzongliang 发表于 Post on 2023-12-22 11:34:55
sobereva 发表于 2023-12-22 01:51
可以用Multiwfn+VMD/VESTA,效果很好
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http ...

好的sob老师,非常感谢,我现在去试试
sobereva 发表于 Post on 2023-12-22 01:51:02
可以用Multiwfn+VMD/VESTA,效果很好
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html

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