我已经解决了，怎么说呢，上面说的上面ion id纯属就是胡扯，直接抄原子序号就好了，真正会报这个错误是因为格式转换的错误，就是mcpb是amber下面的程序，如果你是是再外面加氢，H的原子名字就是无法识别，所以就会报key error的错误，可能还会给你标出来是哪一个残基的，但是你优先去看可以形成大小模型的那个氨基酸残基，你直接蛋白dry，之后用amber自带的reduce加氢，之后再pdb4amber转化，就ok，如果你的小配体是正常bcc做的，原子名和H是没有问题的，我习惯用高斯做了生出生成mol2文件，之后形成frcmod文件，所以就是需要用match_atomname来原子名对齐，翻了好多都没有解决，还是我自己来写

解决了嘛，我也遇到相同的问题，就不是ion_id问题

是运行MCPB.py -i XXX.in -s 1时出的问题吗？如果是可能是你的XXX.in 文件中的“ion_ids 数字”这个数字写错了，这里该填写的是你金属离子所在的那一行，使得你的文件不是对应的，建议先按照这个流程（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=MCPB）以例子中运行一遍。