jim 发表于 2024-1-3 09:24 CP2K跑基于DFT的AIMD |
sobereva 发表于 2024-1-3 03:30 越来越清晰了  请问是gromacs是吧？那我先去跑跑分子动力学，谢谢 |
jim 发表于 2024-1-2 10:23 按我8楼说的方式处理 |
sobereva 发表于 2023-12-31 10:28 sob老师新年好！非常冒昧地问一下，我搜索了“不正常周期性、Molclus”，好像没见相关的内容，请问是否能再稍微详细地指点我们一下。我现在想将周期性材料与大分子结合方式全局搜索一下，卡这儿了动不了了，我的猜想是：全局搜索后再进一步结构优化，然后再用CI-NEB来搜索过渡态，看能否突破一二，谢谢！ |
jim 发表于 2023-12-30 10:17 不正常周期性的情况 |
sobereva 发表于 2023-12-29 04:38 明白了，谢谢sob老师。我在论坛中查了下，好像没见molclus应用于周期性材料的例子或者帖子，请问molclus是否可以应用于这种周期性材料与大分子结合方式的搜索？ |
jim 发表于 2023-12-28 11:25 催化材料是周期性体系，和瑞德西韦那篇文章要用的程序明显不一样，瑞德西韦又不是周期性体系 |
sobereva 发表于 2023-12-28 10:05 这个帖子我知道是搜索过渡态，我是针对您回答的8#有关亚稳结构来说的，因为您的帖子“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”中没涉及到催化材料吸附大分子相关的例子，所以借楼问问您。我和LZ做得有些相似，也是催化材料催化降解大分子，所以特别关心，谢谢您。 |
jim 发表于 2023-12-27 17:01 当前是对周期性模型做周期性计算，跟Gaussian、ORCA、xtb根本没直接关系 |
sobereva 发表于 2023-12-27 01:13 请问sob老师，以LZ的研究对象为例，请问是否可以按照如下步骤搜索大分子与催化材料最佳结合部位：（参照您的帖子“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”  ）1、在Gaussian或MS等软件建模，将大分子与催化材料摆放差不多的位置，然后生成xyz文件，命名为：A.xyz； 2、构建md.inp文件，参照您帖子中的“4第一步：用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟”； 3、参照您帖子中的“5 第二步：用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化”； 4、参照您帖子中的“6 第三步：用Molclus调用xtb在GFN2-xTB结合隐式水模型下做批量优化”； 5、还需要参照您帖子中的“7 第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”来进一步更高级别的计算吗？如果需要，但是这么大体系调用Gaussian/ORCA，成功的几率应该不大吧？ 辛苦sob老师！谢谢！ |
jim 发表于 2023-12-26 17:19 拿单一初猜结构优化可能会优化到亚稳结构 有条件的话最好跑动力学，每隔一定时间取一个结构当初始结构，分别优化，取能量最低的作为最稳定的吸附结构 |
sobereva 发表于 2023-12-26 06:16 sob老师，请问这种大分子与催化材料结合的时候是否要用molclus来优化下它们结合的部位，还是直接做结构优化？ |
sobereva 发表于 2023-12-26 06:16 原来设置要一致啊，谢谢sob老师指点 |
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确保优化极小点和跑CI-NEB的和能量有关的设置严格一致，如CUTOFF、色散校正、盒子参数等，输入文件对照着仔细检查 对于含Mg的体系结合GTH赝势基组，当前CUTOFF明显偏小 |
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