既然你决定用OPLS-AA描述离子液体，就没有任何理由牵扯amber99sb.ff，直接用OPLS-AA力场目录下的水模型就完了。你这种描述没法不令人怀疑你的拓扑文件可能存在问题。

水模型用的是什么必须交代清楚。如果改了上面的不一致性后还有这个问题，尝试更好的水模型，比如TIP3P改成OPC。还不行可能mdp或模型有问题。