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py.Aroma: 芳香性计算辅助工具

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wangzhe

发布时间: 2023-12-25 15:48

正文摘要:

本帖最后由 wangzhe 于 2023-12-25 17:20 编辑本人之前练习编程的时候写过几个NICS分析的辅助程序，用来生成Gaussian输入文件以及处理其输出文件。后来将这些脚本整合到了一个程序里，命名为py.Aroma。最近将py. ...

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wal 发表于 Post on 2025-4-21 18:16:31

wangzhe 发表于 2025-4-21 10:06
有时间的话我可以尝试一下，不过最近比较忙。。
py.Aroma的可视化完全基于matplotlib，如果您有时间的话 ...

没事的，紧着您方便来，我这边不是刚需hhh
我尝试过用mathplotlib写可视化，无奈技术力不够(我代码基本全靠AI

)实现不了，改天我学习一下您的代码

wangzhe 发表于 Post on 2025-4-21 10:06:59

wal 发表于 2025-4-19 23:24
嗯嗯，我后面注意到说明书上的提示，尝试改了一下也闪退，看来还是要用您的程序产生输入文件
您有考虑过 ...

有时间的话我可以尝试一下，不过最近比较忙。。
py.Aroma的可视化完全基于matplotlib，如果您有时间的话可以根据自己的需要修改一下程序

wal 发表于 Post on 2025-4-19 22:24:08

wangzhe 发表于 2025-4-19 22:13
py.Aroma是通过文件名区分计算类型的，如果文件名中有“_2D_NICS"的话会被自动识别为2D NICS的输出文件， ...

嗯嗯，我后面注意到说明书上的提示，尝试改了一下也闪退，看来还是要用您的程序产生输入文件
您有考虑过提供一些生成输入文件的API接口嘛，我这边大量计算的时候还挺需要纯脚本运行的，所以现在比较依赖multiwfn，hh

wangzhe 发表于 Post on 2025-4-19 22:13:59

wal 发表于 2025-4-19 18:02
我载入了一个multiwfn生成的NICS 2D输出文件，程序似乎把这个当成NICS zz的输出了

或者说我没找到地方？ ...

py.Aroma是通过文件名区分计算类型的，如果文件名中有“_2D_NICS"的话会被自动识别为2D NICS的输出文件，详见10.3390/chemistry6060103的SI的Fig.S1

我把您提供的文件名改了一下用py.Aroma打开发现程序会闪退，大概看了一下应该是Multiwfn对Bq定义的顺序和我的不一样所以会报错

wal 发表于 Post on 2025-4-19 17:02:54

我载入了一个multiwfn生成的NICS 2D输出文件，程序似乎把这个当成NICS zz的输出了

或者说我没找到地方？

还挺喜欢py.Aroma的可视化的，所以想问一下程序区分不同NICS输出文件的判断依据是什么呢，如果不太复杂的话我想捣鼓个脚本修饰一下格式

NICS_2D.zip

789.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

wangzhe 发表于 Post on 2024-10-7 08:15:35

xxxhhh 发表于 2024-10-5 14:58
你好，我课题组最近在算杯吡咯衍生物，其中有一些环明显偏离重原子平均平面。
我注意到这款软件自4.0其支 ...

github的文件上传有size限制，可以向我发邮件索要。

xxxhhh 发表于 Post on 2024-10-5 13:58:49

你好，我课题组最近在算杯吡咯衍生物，其中有一些环明显偏离重原子平均平面。
我注意到这款软件自4.0其支持倾斜环的NICS，但主页提供的Windows版我这边下载不了，GitHub网站的发行页也只有源代码。请问能否在GitHub网站的发行页上也提供.exe文件的下载？
另外，课题组算的有些中间体的金属配合物的中心金属明显偏离配位原子所在平均平面，因此在这些配位原子的几何中心也加了Bq原子，请问选择倾斜环的时候能否以Bq原子作为多边形顶点？

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