sobereva 发表于 2023-12-28 10:45
1 不管什么考量，都必须用能算得动的模型。根据当前MD一步的耗时乘上总步数就知道总耗时是天文数字
CP2K ...

好的！非常感谢老师！我去用gmx solvent试试，现阶段的模型的确会出现“The distance between the atoms ***
*** 257 and 548 is only 0.363 angstrom and thus smaller than the        ***
*** threshold of 0.500 angstrom” 距离不合适的警告。

海鸥 发表于 2023-12-27 13:55
谢谢老师解答！
（1）老师，我当时选择厚水层的原因在于：我是先确定的膜的大小在30A*30A左右，中心有个 ...

1 不管什么考量，都必须用能算得动的模型。根据当前MD一步的耗时乘上总步数就知道总耗时是天文数字
CP2K做纯泛函的MD在一般计算条件下、常规可接受的耗时内，撑死了也就跑一千原子或稍微再多一点

2 不是什么解决不解决的问题。gmx solvate填充空白区域能填充得非常理想、密度和纯水高度吻合，而且水分子不会和镜像盒子出现严重位阻问题

根本没必要用那么厚水层。当前7000个原子，纯泛函AIMD根本算不动，别跑了

靠gmx solvate加水，由于加的水很合理，就不会存在水和相邻镜像存在不合理接触问题。也完全没必要事先用其它程序做动力学

另外，最好做NPT（至少让Z方向盒子可变），免得初始密度不合理又无法自发调节