能量最小化后，MD能正常运行，但是发现部分分子断裂，请问怎么解决

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发布时间: 2023-12-26 21:12

本帖最后由 lzj-ustb 于 2023-12-27 10:49 编辑用packmol生成三明治界面模型，中间为氯离子，钠离子和水，两层为两性表面活性剂，总电荷为0 这是单个表活的pdb 文件和体系的pdb

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sobereva 发表于 Post on 2023-12-28 10:12:18

lzj-ustb 发表于 2023-12-27 10:50
已上传断裂的结构文件和图片，请老师再看看，谢谢老师！

把盒子边框显示出来。看上去只不过是被盒子边缘截断的，这种情况没什么问题

lzj-ustb 发表于 Post on 2023-12-27 21:24:27

lmch 发表于 2023-12-27 15:56
**** 本内容被作者隐藏 ****

算了，itp文件里[atoms]有电荷信息

lmch 发表于 Post on 2023-12-27 15:56:10

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0

lzj-ustb 发表于 Post on 2023-12-27 14:57:12

xsc6 发表于 2023-12-27 11:20
你这个是不是在盒子边上跑出盒子了呀，此外没有gro和xtc文件没法看轨迹

你好，图片下边是gro文件啊，压缩过的。

xsc6 发表于 Post on 2023-12-27 11:20:30

lzj-ustb 发表于 2023-12-27 10:50
已上传断裂的结构文件和图片，请老师再看看，谢谢老师！

你这个是不是在盒子边上跑出盒子了呀，此外没有gro和xtc文件没法看轨迹

lzj-ustb 发表于 Post on 2023-12-27 10:50:17

sobereva 发表于 2023-12-27 01:57
没有断裂时候的结构文件或截图，没法判断是什么情况

已上传断裂的结构文件和图片，请老师再看看，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2023-12-27 01:57:31

没有断裂时候的结构文件或截图，没法判断是什么情况

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