**指标的计算是后处理统计的事，本来就不是动力学程序分内的事。即便gromacs没自带相应的分析工具，也显然不意味着没法通过VMD tcl脚本，或者各种Python轨迹分析库，或者第三方轨迹分析程序去分析。对于动力学程序只能问能否模拟某类问题。如果是要模拟涉及共价键成键/断键的过程，gromacs做不到，需要用诸如CP2K等。