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用Multiwfn懒人教程,高斯部分一直在报错

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发布时间: 2023-12-28 19:24

正文摘要:

老师,您好,因为我不是做量化方面的,对这方面基本一窍不通。我想用Multiwfn算DNA分子的RESP拟合电荷,按照教程安装完高斯和Multiwfn,运行“./Resp.sh DNA.pdb -38 1 water”,一直在报错,我粗略看了一下,好像是 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-12-30 10:53:41
Gaussian根本没法计算净电荷不为整数的情况,这是基本常识
zhijiu 发表于 Post on 2023-12-30 09:40:49
sobereva 发表于 2023-12-30 05:36
说清楚什么命令、往哪里输入、什么程序,完全不知道你说的是什么情况。提问时主动把问题交代完整,仔细看 ...

好的,老师,就是我用Multiwfn懒人教程运行时,输入“./Resp.sh 1.pdb -0.0638 1 water”没办法运行程序,但是如果我把电荷数改成-1,是可以正常运行的。我是想问,这个程序没办法算非整数电荷的分子基团的RESP吗
sobereva 发表于 Post on 2023-12-30 05:36:31
zhijiu 发表于 2023-12-29 16:35
好的,谢谢老师。还有一个问题,就是我输入的结构电荷总数是-0.0631,我命令行输入的时候,程序没办法运 ...

说清楚什么命令、往哪里输入、什么程序,完全不知道你说的是什么情况。提问时主动把问题交代完整,仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

zhijiu 发表于 Post on 2023-12-29 16:35:56
本帖最后由 zhijiu 于 2023-12-29 18:07 编辑
sobereva 发表于 2023-12-29 04:15
你的体系里真的有Ho元素?
如果你的pdb文件里不含元素信息,Multiwfn会根据原子名自动猜元素,很可能猜 ...

好的,谢谢老师。还有一个问题,就是我输入的结构电荷总数是-0.0631,我命令行输入的时候,程序没办法运行,电荷只能输入整数吗?
sobereva 发表于 Post on 2023-12-29 04:15:46
zhijiu 发表于 2023-12-28 22:11
好的,谢谢老师,我把脚本改正后,报了别的错,“Atomic number out of range in def2SV”,这是什么原因 ...

你的体系里真的有Ho元素?
如果你的pdb文件里不含元素信息,Multiwfn会根据原子名自动猜元素,很可能猜不对,诸如HO可能本身是氢的原子名,但Multiwfn以为是Ho
zhijiu 发表于 Post on 2023-12-28 22:11:03
sobereva 发表于 2023-12-28 20:57
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的,谢谢老师,我把脚本改正后,报了别的错,“Atomic number out of range in def2SV”,这是什么原因?
sobereva 发表于 Post on 2023-12-28 20:57:27
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

此文明确说了
注意Gaussian09 D.01版本之前不支持DFT-D3校正,因此用老版本者应当把脚本里em=GD3BJ关键词取消,相关信息看《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)。


zjxitcc 发表于 Post on 2023-12-28 19:43:53
是你的Gaussian版本太低了

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