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VMD不能载入完整的轨迹应该怎么解决?

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发布时间: 2023-12-28 22:46

正文摘要:

请问一下,我用cp2k模拟出xyz轨迹,用的是NPT系综,用脚本将xyz文件和cell文件结合成.gro文件(.gro文件用Gromacs后处理时帧数没有问题可以正常处理数据),但是在用vmd1.9.3(sob老师推荐的可以载入大内存的vmd版本 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-12-29 04:45:19
如果xyz轨迹能完整载入,写个脚本从cell里读取每帧的盒子信息并定义

NPT系综我一般都建议用dcd格式,本身就带盒子信息。北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里我也专门说了


lyj714 发表于 Post on 2023-12-29 01:36:14
把整个gro轨迹通过gmx trjconv转成xtc轨迹,然后载入一帧gro,再把轨迹xtc加载到该体系上。

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