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import subprocess as sp
import os

genRestr = 'gmx genrestr -f em.gro -n index.ndx -o posre.itp -fc {}'
pwd = os.getcwd()
sp.run(genRestr.format(1000), cwd = pwd, shell=True)
sp.run('gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -o pr0.tpr -r em.gro', cwd = pwd, shell=True)
sp.run('gmx mdrun -v -deffnm pr0', cwd = pwd, shell=True)
sp.run(genRestr.format(100), cwd = pwd, shell=True)
sp.run('gmx grompp -f pr.mdp -c pr0.gro -t pr0.cpt -p topol.top -o pr1.tpr -r pr0.gro', cwd = pwd, shell=True)
sp.run('gmx mdrun -v -deffnm pr1', cwd = pwd, shell=True)
sp.run(genRestr.format(10), cwd = pwd, shell=True)
sp.run('gmx grompp -f pr.mdp -c pr1.gro -t pr1.cpt -p topol.top -o pr2.tpr -r pr1.gro', cwd = pwd, shell=True)
sp.run('gmx mdrun -v -deffnm pr2', cwd = pwd, shell=True)



准备好一个运行1ns的预平衡文件，和一个只包含protein的index.ndx文件，用这段python代码可以管理你的模拟。
另一个常见的python内管理的包是gromacsWrapper，那个更好用一点。

lmhytr 发表于 2024-1-1 11:00
谢谢老师解答，据我了解Gromacs速度快，用户群体多，更符合我运算资源有限且是新手的情况，因此选择学习G ...

你相平不平衡和限制势有什么关系，几万几十万的体系，限制的原子最多占10%，限制势只是让你在相平衡的过程中保证分子别乱跑而已，改10ns平衡还是10ns，并不会因为这种衰减式的限制而让平衡时间变短

fhh2626 发表于 2023-12-31 18:00
你多做几个配置文件，把力常数逐渐减小就行了

谢谢老师解答，这的确是一个解决方案，就是麻烦些，我尝试一下，看看效果！

Huschein 发表于 2023-12-31 14:56
不行 转amber去吧，amber可以，这种自然会更合理一点，不过你npt的时候限制把系综跑好了，md的时候直接彻底 ...

谢谢老师解答，据我了解Gromacs速度快，用户群体多，更符合我运算资源有限且是新手的情况，因此选择学习Gromacs。就像您说的，md是一个混沌系统，只要系综合理，直接放和慢慢放对最终平衡态的影响不大。但如果在计算资源有限的情况下，通过渐变限制能更快使体系达到平衡相，就能节省出更多时间去做产生相模拟。当然这些只是我的粗浅理解，不知道对不对。

你多做几个配置文件，把力常数逐渐减小就行了

不行 转amber去吧，amber可以，这种自然会更合理一点，不过你npt的时候限制把系综跑好了，md的时候直接彻底放开感觉也没有问题。md本来就是一个混沌系统，直接放和慢慢放感觉差异不大，前提是你系综已经合理了