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求助:Gromacs中计算的蛋白质与配体的结合自由能和吉布斯自由能的关系是什么?

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发布时间: 2023-12-31 15:07

正文摘要:

老师好,学生最近需要计算主客体结合过程中的吉布斯自由能,现遇到了如下的问题请教老师: 1. 通过”炼金术热力学循环“计算蛋白质与配体的结合自由能,是否就是蛋白质与配体结合过程中的吉布斯自由能呢? 2. 在您 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-1-2 04:27:31
1 分清楚吉布斯自由能,和吉布斯自由能的变化,对于过程显然只能说变化
是吉布斯自由能的变化

2 有大把的TI、FEP算蛋白质-配体结合自由能的文章,里面都有公式和具体说明

3 看这种分子是否明显对结合产生影响,没直接影响的随便游离的分子可以忽略。

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