计算离子穿过单层COF膜的PMF出错

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发布时间: 2024-1-2 16:06

各位老师，我计算锂离子穿过单层COF膜的PMF，反应坐标选取的是锂离子(示意图中的红色粒子)到虚拟点(示意图中的黄色粒子)之间的距离。在每一个窗口中锂离子距离虚拟点的距离通过shell脚本自动替换mdp文件中pull-coord ...

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lucky1999 发表于 Post on 2024-1-18 19:18:37

nanoZLCH 发表于 2024-1-18 11:22
请问解决了吗？我也有类似的问题

我后面又把计算的细节检查了一遍，发现我把锂离子xyz方向上都施加了位置限制

，应该只在xy方向上施加位置限制(因为离子是沿着z轴穿越COF)。当我把z轴上的位置限制关掉后，离子在靠近COF附近PMF有一个峰，但是曲线的波动性比较大。

nanoZLCH 发表于 Post on 2024-1-18 11:22:44

请问解决了吗？我也有类似的问题

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