sobereva 发表于 2024-1-5 10:29
1 是，但可以适当放宽收敛限

spring常数会影响收敛快慢。0.02-0.08都可以尝试

（1）好，谢谢老师，我根据文献尝试将中间MoS2进行一个fix，发现会收敛更好；然后我试了一下例子中的proton transport graphene，发现计算出来的
RMS DISPLACEMENT =   0.00059     [ 0.00010]                               ( NO)
MAX DISPLACEMENT =   0.00553     [ 0.00020]                               ( NO)
RMS FORCE        =   0.00029     [ 0.00030]                               (YES)
MAX FORCE        =   0.00527     [ 0.00045]                               ( NO)
也是最后一步只有 RMS FORCE满足条件；
请问老师在哪里修改收敛限呢，我看这里用的是默认的，inp文件里没看见有修改的地方；说明文档里好像只有GEO_OPT模块有对应的关键字

（2）好的，所以初态和末态的离子间距离差20A的话，cell在z方向的尺寸就得超过40才是合理的是吗？
如果我的XY方向cell大概都是16A左右，z方向初末态离子距离我取6A左右，我的cell在z方向尺寸是30，这时候采用OT算法是合适的吗

（3）老师，我查阅过AIMD计算能垒的问题
https://www.cp2k.org/exercises:2017_ethz_mmm:nacl_free_energy#input_file_for_nacl_in_gasphase
我当时有考虑过基于AIMD去算PMF；但我看这里Task 3里的代码示例，引入了经验参数，感觉和用gromacs差不多；而不是基于第一性原理出发的
所以我想请教老师，如果是这样的话，应该怎么考虑，是采用限制性的方法把离子固定在指定位置，然后跑MD吗

海鸥 发表于 2024-1-4 13:33
谢谢老师！（1）
所以必须得等到这个条件都满足才可以是吗？
好的，老师，我之后调节一下spring常数；c ...

1 是，但可以适当放宽收敛限

spring常数会影响收敛快慢。0.02-0.08都可以尝试


2 正常，原因前面说过了

用MT必须满足盒子尺寸是相应方向有电子密度分布的跨度的两倍以上


3 考虑溶剂效应时怎么排布都不完美，通过做显式水充满盒子情况下的AIMD算PMF最有意义

海鸥 发表于 2024-1-3 14:29
好的，谢谢卢老师，我仔细看，以后会注意用词规范的。
我会尝试把初始距离调大一些。

尝试调节NEB计算参数，spring力常数等等

NEB里面的点你怎么单独做结构优化？只能做NEB的时候才能优化路径上的点

不需要必须在中央，但也没什么理由不在中央

不用考虑偶极校正

那叫模拟，不叫仿真
看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）


K+逐渐接近MoS2，由于电荷转移和极化作用，能量先显著下降很正常。穿越的那个阶段从图上可见就是能量发生了上升，也很正常。

“中间过渡态的数量”是不当用词，那叫image数或NEB点数

没有平台区是初始距离还不够大